Paie
Arrêt maladie d'un salarié : IJSS, subrogation et traitement en paie
Publié le 8 avril 2025 · Vérifié et mis à jour le 5 juillet 2026 · Lecture 5 min
Un arrêt maladie déclenche une chaîne précise : signalement à l'Assurance maladie via la DSN, calcul des indemnités journalières, application du maintien de salaire légal ou conventionnel, et traduction de tout cela sur le bulletin, avec ou sans subrogation. Chaque maillon mal exécuté se voit : salarié payé en retard, IJSS perdues, ou bulletin faux.
Depuis le 1er avril 2025, une donnée a changé la donne pour les salaires moyens et supérieurs : le plafond des indemnités journalières a été abaissé.
Sommaire
Les IJSS et le nouveau plafond de 1,4 SMIC
L'indemnité journalière maladie représente 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les trois derniers mois de salaire brut, ce salaire de référence étant plafonné. Pour les arrêts débutant à compter du 1er avril 2025, ce plafond a été abaissé de 1,8 à 1,4 SMIC : les salariés gagnant plus voient leurs IJSS diminuer, et c'est l'employeur pratiquant un maintien de salaire qui absorbe la différence.
Un délai de carence de trois jours s'applique en maladie non professionnelle : les IJSS ne courent qu'à partir du quatrième jour, sauf dispositions plus favorables de certains régimes.
Le maintien de salaire : légal, conventionnel, et son calcul
La loi impose, après un an d'ancienneté, un maintien partiel : 90 % du brut pendant une première période puis deux tiers, pour des durées croissant avec l'ancienneté, après un délai de carence de sept jours. Les conventions collectives améliorent très souvent ce socle : maintien à 100 %, carence supprimée, durées allongées, chaque branche a son régime.
Le maintien s'entend déduction faite des IJSS : c'est là que naissent la plupart des erreurs, entre maintien du net et maintien du brut, IJSS estimées puis régularisées, et arrêts à cheval sur deux mois. Un dossier maladie propre exige une méthode constante et documentée.
La subrogation : confort pour le salarié, rigueur pour l'employeur
Avec la subrogation, l'employeur maintient le salaire et perçoit les IJSS directement à la place du salarié : ce dernier ne subit aucune rupture de revenu, et l'entreprise se rembourse. C'est l'option la plus protectrice, à condition d'en suivre les flux : IJSS attendues, reçues, écarts à régulariser.
Sur le bulletin, l'arrêt se traduit par une absence valorisée, le maintien, et les IJSS subrogées en pied de bulletin ; le montant net social et le net imposable suivent des règles distinctes sur ces sommes. C'est typiquement le mois où externaliser sa paie démontre sa valeur.
Questions fréquentes
Quel est le délai pour signaler un arrêt en DSN ?
Le signalement d'arrêt de travail doit partir dans les cinq jours. Il déclenche le calcul des IJSS ; tout retard décale l'indemnisation du salarié, et en subrogation, le remboursement de l'employeur.
L'employeur peut-il refuser la subrogation ?
La subrogation est de droit lorsque le salaire est maintenu en totalité ; elle est une faculté dans les autres cas. Beaucoup de conventions collectives la rendent en pratique incontournable en imposant un maintien à 100 %.
Les IJSS sont-elles imposables et soumises à cotisations ?
Les IJSS maladie sont soumises à CSG-CRDS à taux réduit et à l'impôt sur le revenu, mais pas aux cotisations de sécurité sociale. Leur traitement en paie diffère donc de celui du salaire, notamment pour le montant net social.
Un arrêt en cours et un doute sur le bulletin du mois ? Posez la question avant de payer, pas après.
Demander un devis gratuitContenu d'information générale rédigé par notre juriste et vérifié à la source ; il ne constitue pas une consultation juridique. Références à jour au 5 juillet 2026.